Đầu thế kỷ 20, Pháp hầu như đã hoàn thành quá trình bình định, dẹp yên các cuộc khởi nghĩa yêu nước bên trong Việt Nam (chỉ còn phong trào Khởi nghĩa Yên Thế của Đề Thám còn đang hoạt động, nhưng chỉ ở diện hẹp và bị dập tắt hoàn toàn vào năm 1913). Cùng với việc mở rộng quá trình thực dân hoá, tư bản hóa nhằm khai thác thuộc địa một cách hiệu quả nhất, những cơ sở đầu tiên của kinh tế tư sản bắt đầu phát triển trên toàn lãnh thổ Việt Nam, đặc biệt là ở Bắc Kỳ và Nam Kỳ. Song song với sự phát triển kinh tế, những tư tưởng tư bản cũng du nhập và phát triển bên trong Việt Nam. Các nhà nho có tư tưởng tiến bộ nhận thức được sự yếu kém của quốc dân, chứng kiến nước Nhật Bản duy tân mà thắng đế quốc Nga đã quyết định phải thay đổi tư tưởng, cách thức học tập trong nước nhằm mục đích tự cường hy vọng một cuộc đổi mới. Đồng thời học tập từ thất bại của cuộc cải cách của nhóm Lương Khải Siêu và Khang Hữu Vi khởi xướng ở Trung Quốc. Tháng 3 năm 1907, Đông Kinh Nghĩa Thục bắt đầu được khai giảng ở phố Hàng Đào, Hà Nội.

Đông Kinh Nghĩa Thục nhanh chóng trở nên nổi tiếng bên trong Hà Nội, nhiều tỉnh lân cận cũng đã có các hội nhóm mở lớp, xin sách giáo khoa của trường về giảng dạy. Bắt đầu là ở Hà Đông, quê hương của nhiều sáng lập viên nghĩa thục có tên tuổi như Vũ Trác, Hoàng Tăng Bí; ở Hoài Đức còn có 3 phân hiệu nghĩa thục ở thôn Canh, Tây Mỗ, Tân Hội; ở Hưng Yên cũng có 2 huyện có nghĩa thục, lại còn mở thêm một hiệu buôn nội hoá là Hưng Lợi Tế. Hải Dương, Thái Bình, nghĩa thục cũng phát triển khá mạnh mẽ, lại còn tổ chức ra nhiều hội ái hữu, tương tế. Thậm chí, nghĩa thục của Thái Bình còn cử người đi liên hệ với phong trào chống Pháp của Hoàng Hoa Thám (hay Đề Thám), muốn ứng viện cho nghĩa quân Yên Thế...

Ban đầu, chính quyền Pháp cho phép cho Đông Kinh Nghĩa Thục hoạt động hợp pháp, về sau nhận thấy đây có thể là một mối nguy đối với chế độ thuộc địa, vào tháng 11 năm 1907 trường bị chính quyền thực dân buộc phải giải tán và đầu năm 1908, ra lệnh cấm việc hội họp diễn thuyết ở miền Trung.

Sau vụ chống thuế Trung kỳ (tháng 3 năm 1908) và vụ đầu độc lính Pháp ở Hà Nội (tháng 6 năm 1908), chế độ thuộc địa của Pháp nhân đó quy trách nhiệm cho sĩ phu duy tân và thẳng tay đàn áp, bắt hầu hết giáo viên, giải tán hội buôn, đóng cửa Đăng Cổ Tùng Báo, cấm diễn thuyết, nói chuyện, cấm lưu hành và tàng trữ các tác phẩm của nhà trường.

Tên của phong trào sau này được đặt tên cho một quảng trường tại Hà Nội.